Institut Injil Indonesia memiliki empat fakultas yang terdiri dari Fakultas Teologi Kependetaan, Fakultas Misiologi, Fakultas Pendidikan Kristen dan Fakultas Pascasarjana. Keempat Fakultas tersebut telah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional – Perguruan Tinggi
Program Stratum 1 Pendidikan Agama Kristen
3554/SK/BAN-PT/Akred/S/IX/2019
